Arlequin 人口遗传学数据分析 v3.5.2.2 官方版

Arlequin是一款专业的人口遗传学数据分析的综合软件，软件能够支持通过多种不同的统计检验与基本方法来执行数据分析，从而有效的帮助学生以及科研人员来对人口遗传学进行有效的特征统计与数据分析，其提供了使用64位外部arlecore程序进行计算、XML输出、附加结果、计算组内的统计信息、保持Amova null分布、 提示处理未定相的多轨迹数据等多种功能，而且其具备了简单易用的操作界面，有需要的用户赶紧下载吧！

Arlequin软件介绍

Arlequin官方版是一款专业的人类遗传学数据分析软件，通过对统计数据中信息的挖掘，可进行AMOVA计算、中性检验、错配分布等，为从事医学和生物学研究的朋友提供了参考方案，比较遗憾的是软件没有汉化版，使用起来可能稍微有些吃力!

Arlequin软件功能

1、Molecular diversity(分子多态性)

2、Mismatch distribution(错配分布)

3、Haplotype frequency estimation(单倍型频率估计)

4、Linkage disequilibrium(连锁不平衡：检测不同位点上等位基因的非随机关联)

5、Hardy-Weinberg equilibrium(哈温—伯格平衡)

6、Tajima`s neutrality test(Tajima中性检验)

7、Fu`s neutrality test(Fu中性检验)

8、Ewens-watterson neutrality test(Ewens-watterson中性检验)

以上三个中性检验都是基于无限位点模型，适用于DNA sequence 和 RFLP单倍型。

9、Chakraborty`s amalgamation test (Chakraborty`s 融合检验，检测人群的均一性或同质性和中性选择等)

10、Minimu Spanning Network(MSN，最小扩张树或称之为最小支撑树,，基于分子差异)

11、AMOVA 分子差异度分析，用以评测人群的遗传结构

12、Pairwise genetic distances (遗传距离的估计)

13、Exact test of population differentiation (检测随机交配群体单倍型的非随机分布)

14、Assignment test of genotype (通过估计等位基因频率将单个基因型分配到特定的人群中)

Arlequin使用说明

Arlequin配置

在首次使用Arlequin之前，您需要指定Arlequin将使用哪个文本编辑器来编辑项目文件或查看日志文件。 我们建议使用强大的文本编辑器，如TextPad。

准备输入文件

分析数据的第一步是为Arlequin准备输入数据文件。 此输入文件在此处称为项目文件。 由于Arlequin是一个能够分析多种数据类型的通用程序，因此您必须在项目文件中包含有关数据属性的一些信息以及原始数据。

创建Arlequin项目有两种方法：

（1）您可以从头开始使用文本编辑器使用保留关键字定义数据。

（2）您可以通过选择选项卡面板项目向导让Arlequin创建项目大纲

选项卡面板上的控件允许您指定应构建的项目大纲的类型。 使用“浏览”按钮为项目选择名称和硬盘位置。 选择所有设置后，按“创建项目”按钮即可创建项目大纲。 请注意，它不会自动加载到Arlequin中。 数据文件的名称应该具有“* .arp”扩展名（对于ARlequin项目）。 然后，您可以按“编辑项目”按钮编辑项目。 请注意，此向导仅创建轮廓，您手动需要填写数据，并指定您的遗传结构。

定义待测试的遗传结构

新的遗传结构编辑器已在3.01版本中实现。 在左侧窗格中，在打开的项目中找到的所有人口样本都列在右侧列中，左侧列中有相应的组标识符。 如果未定义遗传结构，则将列出“0”标识符。 在右侧窗格中，显示结果结构。 可以通过为群体样本提供新的组标识符将人口样本分配到不同的组，例如：通过按“更新项目”按钮，此新结构将添加到项目文件中，将创建旧项目的备份副本 （扩展名为* .arp.bak），新修订的项目将重新加载到Arlequin中。

将项目文件加载到Arlequin中

构建项目文件后，必须将其加载到Arlequin中。 您可以通过激活菜单File |来执行此操作 通过单击工具栏上的“打开项目”按钮或激活“文件”，打开项目 最近的项目...菜单。 应打开一个对话框，以允许选择要处理的现有项目，例如

Arlequin项目文件必须具有* .arp扩展名。 如果项目文件有效，则其主要属性将显示在“项目”选项卡中，如下所示：

可以选择不同的分析，并在“设置”选项卡中调整其参数。

可以在左侧的树中导航，以选择您设置的不同类型的计算。 根据您的选择，选项卡对话框的右侧部分将显示要设置的不同参数。

创建和使用设置文件

通过设置，我们指的是可以在Arlequin中设置的任何可供选择的分析及其参数。由于您可以选择不同类型的分析，以及每种分析的不同选项，所有这些选项都可以保存到设置文件中。这些文件通常与项目文件具有相同的名称，但扩展名为* .ars。通过单击设置树顶部的“保存”按钮，可以在工作的任何时间创建设置文件。或者，如果在Arlequin配置窗格中激活“使用关联设置”（请参阅Arlequin配置 - 第3.1节），则在关闭项目时将自动保存此项目中使用的上次使用的设置，并在以后再次打开时重新加载。该设置存储在与项目文件同名的文件和.ars扩展名中。当您想要重复之前完成的某些分析，或者想要在多个项目上进行不同类型的计算时，这些设置文件很方便，因为可以使用批处理文件（请参阅第4.6节中的批处理文件），为您提供相当大的灵活性。您可以执行的分析，并避免繁琐和重复的鼠标点击。

执行分析

可以通过单击“开始”按钮执行选定的分析。

如果在执行期间发生错误，Arlequin将在日志文件中写入诊断信息。如果错误不是太严重，Arlequin将打开Web浏览器，您可以在其中查阅日志文件。如果出现内存错误，Arlequin将自行关闭。在后一种情况下，您应该在启动新分析之前查阅Arlequin日志文件，以获取有关问题发生的执行位置或执行阶段的一些信息。为此，只需重新打开上一个项目，然后按上面工具栏上的“查看日志文件”按钮。在任何情况下，文件Arlequin_log.txt都位于项目结果目录中。

中断计算

可以通过按工具栏上的“暂停”或“停止”按钮随时停止计算。

按下“暂停”按钮后，按“恢复”按钮可以恢复计算。

请注意，通过按“停止”按钮，您无法保证当前计算能够提供正确的结果。对于非常大的项目文件，您可能需要等待几秒钟才能停止计算。如果计算由arlecore64执行，则“停止”按钮无效，并且可以通过单击右上方的Cross来停止arlecore64。

检查结果

计算结束后，Arlequin将创建一个结果目录，该目录与项目文件同名，但扩展名为* .res。 此目录包含所有结果文件，特别是与项目文件同名的主结果文件，但具有* .htm或* .xml扩展名，具体取决于“选项”菜单中定义的选项。 计算完成后，结果文件[项目名称] _main.html将自动加载到默认的html浏览器中。 您还可以通过单击“查看结果”按钮随时查看结果。

rlequin输入文件的格式

Arlequin输入文件也称为项目文件。 项目文件包含数据属性的描述以及原始数据本身。 项目文件还可以引用一个或多个外部数据文件。 请注意，以“＃”字符开头的注释可以放在Arlequin项目文件中的任何位置。 Arlequin将忽略一行中跟随“＃”字符的所有内容。 另请注意，Arlequin不支持交错数据，这意味着必须在单行上输入单倍型，多基因座基因型以及整行距离矩阵。 每行最多可输入100,000个字符。

自动创建项目文件的轮廓

为了帮助您快速设置项目文件，Arlequin可以为您创建项目文件的大纲。 为此，请使用“项目”向导选项卡。

转换数据文件

选择“导入数据”选项卡将打开一个选项卡，用于将数据文件从一种格式转换为另一种格式。 这对于已经为其他数据软件包设置数据文件的用户可能很有用。 也可以将Arlequin数据文件转换为其他格式。

Arlequin批处理文件

批处理文件（扩展名为.arb）只是一个文本文件，每行都有一个应由Arlequin分析的项目文件的名称。 要分析的数据文件的数量可以是任意大的。 如果您打开的项目类型是批处理文件类型，则批处理文件选项卡面板会自动打开，并允许您调整批处理运行的设置。

在左侧树窗格中，您可以看到批处理文件中列出的项目文件。设置选项：您可以通过选择使用界面设置为所有项目文件使用相同的选项，也可以通过选择使用关联设置来使用与每个项目文件关联的设置文件。在第一种情况下，将对批处理文件中列出的所有项目文件执行相同的分析。在第二种情况下，您可以对批处理文件中列出的每个项目文件执行不同的计算，从而为您提供更多的灵活性。但是，这意味着先前已准备好设置文件，记录需要对数据执行的分析，以及这些分析的选项。总结结果：可以从每个批处理文件的分析中收集一些结果，并将其放入摘要文件中。如果关联的项目文件不存在，则使用当前设置。请注意，批处理文件，项目文件和设置文件都应位于同一文件夹中。

批处理文件

在所选批处理文件中找到的项目文件显示在左窗格窗口中。 使用相关设置[b]：如果已准备好与每个项目关联的设置文件，请使用此按钮。 使用界面设置[b]：如果要对所有项目文件使用相同的预定义计算设置，请使用此按钮。 要汇总的结果：此选项允许您收集批处理列表中找到的每个文件的结果摘要。 这些结果写在不同的文件中，扩展名为* .sum。 这些摘要文件将放在与批处理文件相同的目录中。

计算设置

“设置”选项卡分为两个区域：在左侧，树形结构允许用户快速选择要执行的任务。 这些任务（设置）的选项将显示在选项卡对话框的右窗格中。 如果在树上选择第一个Arlequin设置节点，则右窗格中将显示可以设置的不同任务的列表。 单击带下划线的蓝色链接将引导您进入相应的设置窗格。 如果选择了特定任务，它将由树结构中任务左侧的红点反映。 设置管理选项卡对话框左上角还显示三个按钮：重置：将所有设置重置为默认值并取消选中所有任务。 加载：将先前保存的一组特定设置加载到设置文件中（扩展名为“.ars”）。 保存：将当前设置保存到给定的设置文件（扩展名“.ars”）。

常规设置

项目文件[r]：包含要分析的数据的项目文件的名称（通常具有“.arp”扩展名）。 结果文件：包含Arlequin生成的分析结果的html文件（它与项目文件同名，但“.htm”扩展名）。 多态性控制：每个站点允许的缺失级别[f]：指定在分析中考虑的任何基因座允许的缺失数据的分数。例如，0.05的水平意味着在任何分析中都不会考虑具有超过5％的缺失数据的基因座。当处理DNA数据时，该选项特别有用，其中不同的个体已针对略微不同的片段进行测序。将水平设置为零将迫使分析仅考虑已在所有个体中测序的那些位点。或者，选择一个级别意味着将在分析中考虑所有站点，即使它们未在任何个体中排序（然而，不是非常明智的选择）。 转换权重[f]：比较DNA序列时给予颠换的权重。 转换权重[f]：比较DNA序列时转换的权重。 删除权重[f]：比较DNA或RFLP序列时给予删除的权重。 单倍型定义使用原始定义[m]：单倍型根据其原始标识符进行识别，而不考虑其分子定义可能相同的事实。 从距离矩阵推断[m]将通过基于上面选择的设置计算距离矩阵来识别类似的单倍型。当激活该选项时，在每次运行开始时自动执行对共享单倍型的搜索，并计算每个群体的新单倍型定义和频率。