Gephi 官方版 V0.9.2

Gephi是一款可以进行可视化和分析大型网络图的开源软件，可用作探索性数据分析，链接分析，社交网络分析，生物网络分析等，功能非常强大，支持Windows， Mac OS X等多个平台。有需要的用户可以下载试试哦。

Gephi功能特点

1、【实时可视化】

从最快的图形可视化引擎中获益，以加速大图中的理解和模式发现。在其特殊的OpenGL引擎的支持下，Gephi正在推动交互式高效网络探索的发展方向。

网络最多100，000个节点和1，000，000个边缘

使用动态过滤迭代可视化

丰富的图形处理工具

2、【布局】

布局算法为图形赋予形状。Gephi提供最先进的算法布局算法，以提高效率和质量。布局调色板允许用户在运行时更改布局设置，从而显着增加用户反馈和体验。

基于力的算法

优化图形可读性

3、【度量】

统计和度量框架为社交网络分析（SNA）和无标度网络提供了最常用的指标。

中介中心性，贴近度，直径，聚类系数，PageRank

社区检测（模块化）

随机发生器

最短路径

4、【创建制图】

使用排名或分区数据使网络表示有意义。自定义颜色，大小或标签，以便为网络表示带来意义。矢量预览模块允许您在使用SVG或PDF进行探索之前进行最后的触摸和关注美学。

可定制的PDF，SVG和PNG导出

保存预设

5、【动态过滤】

过滤网络以根据网络结构或数据选择节点和/或边缘。使用交互式用户界面实时过滤网络。

无需脚本即可创建复杂的筛选查询

根据过滤结果构建新网络

保存您最喜欢的查询

Gephi官方教程

导入CSV数据

启动导入CSV向导和第一步

如图所示，首先在Data Laboratory中单击“导入CSV”按钮

然后，导入向导将打开，并向您提供一些与表无关的常规选项。

在此步骤中，您将指示CSV文件的格式，并可以预览结果表。

首先指定一个不为空的CSV文件

然后从一些常用选项中选择值分隔符以及文件的编码/字符集

最后，选择表以导入文件的行和列。Edges表文件至少需要标记为“源”和“目标”的列（可以区分大小写）

最后一步-选择列详细信息和表特定选项

最后一步为节点表或边表提供了一些常用选项和行为描述：

您可以标记要使用的列，并在尚不存在时选择其类型

如果未提供节点/边缘ID列或某行为空，则将分配一个自动ID

导入到节点表

导入节点表时，您还可以指示是否要更新节点的数据，而不是在具有该ID的节点已经存在时创建新节点。

导入到边表

在导入到edges表的情况下，行为有些不同：

所有行都必须使用“源”和“目标”节点ID

边缘类型是可选的，其默认值为“定向”

导入动态数据

纵向（也称为动态）网络只是按时间顺序演化的网络。如果您想像一下朋友的网络，则节点，连接和属性值的数量会随着时间的流逝而增长和变化。我们称这些动态属性为因为它们具有与特定时刻相关联的值。

纵向网络

有两种方法可以对纵向网络进行建模，一种是每个网络都是特定时间点（一天，一个月，...）的网络集合，或者是每个元素都有一个存在间隔的切片网络。这也可以描述为时间的离散与连续表示。Gephi使用后者，也称为Intervals，因为它更灵活。

例如：

想象一下一个由三个节点组成的网络，它们分别是2007年，2008年和2009年。这些节点存在的年份可以用不同的时间点或时间间隔来表示（分别如下面箭头左侧和右侧所示） 。

第二个节点“ n2”在所有三年中都存在，并用括起来的第一年和最后一年的括号表示[2007，2009]。Gephi会自动在此范围内包含任何日期，例如2008。但是，第一个节点“ n1”用圆括号而不是括号封闭。这意味着该节点在2008年存在，但在2009年不存在。

从技术上讲，方括号用于封闭（也称为“包含”）间隔，而括号表示开放间隔。换句话说，括在两个括号内的日期包括起点和终点，而括在两个括号内的日期则在起点之后开始，并在终点之前结束。像上面的[2007，2009）例子一样，将两者结合起来的半封闭间隔也是可能的。

检查数据实验室，以了解如何为每个节点或边创建间隔。当网络是纵向的时，会出现一个“时间间隔”列，该列显示图表中的时间间隔。您可以通过在“数据实验室”的“配置”选项卡中单击“作为图形的时间间隔”旁边的复选框将其可视化。启用时间轴后，请确保调整时间轴的滑动过滤器窗口的大小，否则您将收到一条错误消息，指出Gephi“无法在没有动画间隔的情况下为时间轴设置动画”。

从GEXF文件导入

所述GEXF格式包括表示带有间隔纵向网络所需要的一切。您定义一个网络，但添加“开始”和“结束”属性以设置节点/边缘出现或消失的时间。

基本例子

以下是我们先前的示例，其中包含从2007年到2009年的三个节点，但是我们添加了一些边来完成示例图。

请注意以下要点：

我们将mode =“ dynamic”设置为图形元素，因为GEXF也可以表示静态图形

将start和end用于封闭间隔（例如：[2007，2009]），将startopen和endopen用于开放（例如：（2008，2009））

每个元素的开始和结束日期是可选的。将这些留空将创建一个[-infinity，+ infinity]间隔。如果像第二条边那样仅定义一个边界，则它变为[2009，+ infinity]。

GEXF入门手册中提供了GEXF规范，包括动态信息。

动态属性

上面的示例描述了如何随时间表示网络拓扑，其中添加或删除了节点和边缘。现在，让我们看看如何表示随时间变化的值，例如“价格”。以下是具有价格属性的同一网络。中的属性定义 元素与静态GEXF相同，但是值的写入方式已更改。

请注意以下几点

为了表示一段时间内的多个值，我们的想法是每个周期重复相同的attvalue，相同的for，但具有不同的值和开始/结束

不必在任何地方设置值，以防丢失默认值

对于节点“ n2”，值“ 12”始于2008年，并且未指定结束时间。给出间隔[2008，+ infinity]，这意味着该值在2009年及之后保持为“ 12”。

GEXF规范（包括动力学属性）在GEXF Primer中可用。

动态重量

通常，边缘的权重直接在边缘元素中定义为特定值。定义动态权重属性将覆盖此值并提供动态权重支持。

规则是使用weight关键字定义标识符来定义edge属性。然后，使用如上所述的多个“ attvalue”来随时间设置不同的值。

转换时间间隔中的现有列

想象一下一个社交网络，其中每个节点代表您的一个朋友，而属性列之一就是您认识的日期。为了将此列转换为动态间隔，请执行以下步骤：

第1步：在数据实验室中单击“合并列”操纵器。

步骤2：从左侧的可用列中，添加要用于创建时间间隔的一列或多列（如果您同时具有开始和结束时间）。然后从可用的合并策略中选择“创建时间间隔”。

步骤3：选择哪一列是起点，哪一列是终点（如果不存在终点，则将此空白留空）。如果该列为数字列（整数，浮点数，双精度数），请选择解析数字。如果数据是日期字符串，则也可以将其解析并转换为时间间隔。我们的“初次见面”专栏只是一年中的某一天，只是一个数字。

对多个静态文件使用时间框架导入

此方法可以从一组静态“ snaphsots”文件创建纵向网络。如果您在不同的时间点都有完整的网络，并且想查看网络及其属性随时间如何变化，那么这是正确的方法。

请注意，此方法的实现仍处于试验阶段，可能无法在所有情况下都起作用。确保验证以下几点：

文件之间的节点标识符完全相同。如果不是，至少标签是（您可以在向导中选择）。

如果是GEXF，则您的网络模式设置为静态

开始导入时间范围时，工作空间中没有先前的图形

所有文件中的属性列均相同

数据集

例如，我们可以使用三个GEXF文件，并说每个文件都针对特定的年份，即2007年，2008年和2009年的网络。

在2007年的静态网络中，注意价格属性：

在2008年的静态网络中，节点“ 3”消失了，节点“ 4”出现了。价格和边缘的权重也发生了变化。

在2009年的静态网络中，节点“ 3”又回来了，节点“ 2”不见了，价格又改变了。

导入Gephi

在一个清晰的项目上执行以下步骤以导入您的数据集：

步骤1：导入第一个文件，然后在导入报告中选择“时间范围”，然后单击“确定”。这将显示一个设置对话框。

步骤2：选择日期或实数作为时间格式。实数是默认选择，此处我们输入的年份为2007。单击“确定”，文件被导入。

步骤3：您现在可以按时间顺序对所有其他文件执行相同的操作。对于第二个文件，请选择2008，然后选择2009等。

结果是在Gephi中创建了一个纵向网络，其中节点和边的时间间隔取决于它们在不同文件中的显示方式。同样，所有属性都是动态属性。数据集的DYNAMIC_INTEGER列中的“价格”属性，每个值都与其间隔相关联。此外，边缘的权重本身是动态的。